home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Aminet 21 / Aminet 21 (1997)(GTI - Schatztruhe)[!][Oct 1997].iso / Aminet / misc / sci / clustalv.lha / AmigaClustalV / clustalv_sourcecode / clustalv.c < prev    next >
Encoding:
C/C++ Source or Header  |  1997-07-01  |  3.0 KB  |  161 lines
  1. #include <stdio.h>
  2. #include <string.h>
  3. #include <stdlib.h>
  4. #ifdef THINK_C
  5. #include <console.h>
  6. #endif
  7. #include "clustalv.h"
  8. #include "matrices.h"
  9.  
  10. /*
  11. *    Prototypes
  12. */
  13.  
  14. extern void *ckalloc(size_t);
  15. extern init_show_pair(void);
  16. extern init_upgma(void);
  17. extern init_myers(void);
  18. extern void init_amenu(void);
  19. extern void init_trees(void);
  20. extern fill_chartab(void);
  21. extern void parse_params(void);
  22. extern void main_menu(void);
  23.  
  24. void make_pamo(int);
  25. Boolean read_tree(int *,double *,int *,int *,int *);
  26.  
  27. static void alloc_mem(void);
  28.  
  29.  
  30. /*
  31. *    Global variables
  32. */
  33.  
  34. extern Boolean usemenu;
  35.  
  36. char  **seq_array;
  37. int  *seqlen_array;
  38. char **names,**titles;
  39. char *params;
  40. FILE *fin,*tree;
  41. FILE *clustal_outfile, *gcg_outfile, *nbrf_outfile, *phylip_outfile;
  42. char *matptr;
  43. int xover,big_pam,little_pam;
  44. int pamo[210];
  45. Boolean dnaflag;
  46. char seqname[FILENAMELEN+1],mtrxname[FILENAMELEN+1],treename[FILENAMELEN+1];
  47. int nblocks,nseqs,next;
  48. double **tmat;
  49.  
  50.  
  51. static void alloc_mem()
  52. {
  53.     register int i;
  54.     
  55.     seqlen_array = (int *)ckalloc( (MAXN+1) * sizeof (int));
  56.  
  57.     seq_array = (char **)ckalloc( (MAXN + 1) * sizeof (char *) );
  58.     for(i=0;i<MAXN+1;i++)
  59.         seq_array[i]=(char *)ckalloc( (MAXLEN +2) * sizeof (char));
  60.                 
  61.     names = (char **)ckalloc( (MAXN+1) * sizeof (char *) );
  62.     for(i=0;i<MAXN+1;i++)
  63.         names[i] = (char *)ckalloc(MAXNAMES+1 * sizeof (char));
  64.         
  65.     titles = (char **)ckalloc( (MAXN) * sizeof (char *) );
  66.     for(i=0;i<MAXN;i++)
  67.         titles[i] = (char *)ckalloc(MAXTITLES+1 * sizeof (char));
  68.  
  69.     tmat = (double **) ckalloc( (MAXN+1) * sizeof (double *) );
  70.     for(i=0;i<MAXN+1;i++)
  71.         tmat[i] = (double *)ckalloc( (MAXN+1) * sizeof (double) );
  72.  
  73.     params = (char *)ckalloc(1024 * sizeof(char));
  74. }
  75.  
  76.  
  77. Boolean read_tree(int *n,double *s,int *a,int *b,int *ptr)
  78. {
  79.     char line[MAXLINE+1];
  80.     int i,seq_no;
  81.     /* Reads one entry from the tree file */
  82.  
  83.     
  84.     for(i=0; i<=MAXLINE; i++) line[i] = ' ';
  85.  
  86.     if(fgets(line,MAXLINE+1,tree)==NULL) return FALSE;
  87.  
  88.     sscanf(line,"%f%d%d%d",s,a,b,n);
  89.     for(i=MAXLINE, seq_no=nseqs; seq_no>0; i--) {
  90.             if(line[i] == '0') {
  91.                 ptr[seq_no] = 0;
  92.                 --seq_no;
  93.             }
  94.             else if(line[i] == '1') {
  95.                 ptr[seq_no] = 1;
  96.                 --seq_no;
  97.             }
  98.             else if(line[i] == '2') {
  99.                 ptr[seq_no] = 2;
  100.                 --seq_no;
  101.             }    
  102.     }
  103.     return TRUE;
  104. }
  105.  
  106.  
  107. void make_pamo(int nv)
  108. {
  109.     register int i,c;
  110.     
  111.     little_pam=big_pam=matptr[0];
  112.     for(i=0;i<210;++i) {
  113.         c=matptr[i];
  114.         little_pam=(little_pam<c) ? little_pam : c;
  115.         big_pam=(big_pam>c) ? big_pam : c;
  116.     }
  117.     for(i=0;i<210;++i)
  118.         pamo[i]= matptr[i]-little_pam;
  119.     nv -= little_pam;
  120.     big_pam -= little_pam;
  121.     xover = big_pam - nv;
  122. /*
  123.     fprintf(stdout,"\n\nxover= %d, big_pam = %d, little_pam=%d, nv = %d\n\n"
  124.         ,xover,big_pam,little_pam,nv);
  125. */
  126. }
  127.  
  128.  
  129.  
  130. main(int argc,char **argv)
  131. {
  132.     int i;
  133.  
  134. #ifdef THINK_C
  135.     argc=ccommand(&argv);
  136. #endif
  137.  
  138.     matptr=pam250mt;    
  139.     
  140.     alloc_mem();
  141.     init_show_pair();
  142.     init_upgma();
  143.     init_myers();
  144.     init_amenu();
  145.         init_trees();
  146.     
  147.     fill_chartab();
  148.     make_pamo(0);
  149.     if(argc>1) {
  150.         params[0]=EOS;
  151.         for(i=1;i<argc;++i) 
  152.             strcat(params,argv[i]);
  153.         usemenu=FALSE;
  154.         parse_params();
  155.     }
  156.     else {    
  157.         usemenu=TRUE;
  158.         main_menu();
  159.     }
  160. }
  161.